Atsižvelgiant į atominės jėgainės veikimo ypatumus, regiono padėtis svarbi hidrografinio tinklo bei vandens išteklių požiūriu. Drūkšių ežeras – reaktorių aušinimo šaltinis, todėl nuspręsta elektrinę statyti šio ežero pietiniame krante. Kita alternatyvi vieta elektrinės statyboms buvo numatyta Baltarusijos teritorijoje prie Snudų (netoli Breslaujos miestelio) – jos atsisakyta dėl didesnių finansinių išteklių ir nepalankių geologinių sąlygų, kadangi toje vietovėje vyrauja juostinis molis.
Tuo metu apie Drūkšių ežero tektoninius lūžius nežinota: į Geologijos valdybą kreiptasi tik 1972 metų pabaigoje, kai statyboms jau buvo pritarta. Nuo 1983 metų Drūkšių ežero vanduo buvo naudojamas elektrinės agregatams atvėsinti. Ežeras – elektrinės aušinimo sistemos dalis, kurios paskirtis yra kondensuoti žemo slėgio garus, išleidžiamus iš garo turbinos. Kuo žemesnė aušinimo skysčio temperatūra, tuo didesnis vakuumas kondensatoriuje ir tuo našesnė elektrinė. Todėl buvo labai svarbu pasirinkti tinkamą aušinimo sistemą. Vanduo aušinimui buvo imamas iš ežero, leidžiamas per filtrus ir nukreipiamas į kondensatorių. Aušinimo vanduo grąžinamas atgal į tarpvalstybinį ežerą, o iš jo – Prorvos, Drūkštos, Dysnos, Dauguvos upėmis – į Baltijos jūros Rygos įlanką.
Drūkšių ežeras yra didžiausias ežeras Lietuvoje. Jo plotas Lietuvos Respublikoje – apie 3611 ha. Kita ežero dalis priklauso Baltarusijai. Viso ežero plotas yra 4480 ha. Didžiausias ežero gylis yra 31 m. Paleidus Ignalinos atominę elektrinę ežero vandens temperatūra padidėjo 2-3 °C, todėl net ir šalčiausiomis žiemomis dalis ežero neužšaldavo.
