Visaginas yra Rytų Europos platformos zonoje, kuriai būdinga dviejų didelių struktūrų sandūra – Baltijos sineklizės ir Mozūrų Baltarusijos anteklizės. Todėl kristalinis pagrindas ir nuogrimzdos yra atskirtos tektoninių lūžių. Kai kurie iš jų atrasti geofiziniais metodais ir nustatyti pagal gręžinių pavyzdžius. Seisminių tyrimų duomenys ir pavyzdžiai iš gręžinių už 10 km nuo Ignalinos AE šiaurės vakarų kryptimi rodo, kad tektoniniai blokai kaimynystėje nėra dideli – 2×2 km. Dėl aiškaus tektoninio regiono susiskaidymo susidaro gana didelė tikimybė, kad tokių zonų yra ir AE teritorijoje.